ABOUT THIS RECORDspecies: Citrus unshiu
miRNA family: MIR156
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Citrus unshiu Citrus Rutaceae Sapindales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TGACAGAAGAGAGAGAGCACA miRNA* TGTTTTTTTTTTTTTTTTTTA mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
CACGGCATGACAGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACAACAAACCAACATTCTAGTCTTGAGAATAAGTTCATTGCAGCAGGATTTTCAAGAAGAGAATCCA
GAATTATTATATGGAAAGATAACAACCTCTTAGTGACTTACTACTCCCAATGAAAGGGAATTGTTTGAGGGGTATCACTGGCTGCGGACCCATCATATCC
CAAATGAAACACTCCAGGGCAATGAACATTATCATCCTGATCACTGGATACCAGAACAGATTCCATGGGCTCTACACTGTGATTATGCAGGCTTGTGCCC
AAGGACCGCACCAGTGGCATTGAACTAGGCGGCATCATTTGGCTCAAACTGATACCAGATGTCTGTGTTGTTGGTGATGACAGAAGAGAGAGAGCACAAT
CTGAGTC
dot-bracket secondary structure
)..(((..((..((((((((((((((((.((..........(((((((((((.......))))..((((((.(((....((((((((.....)))))))).
...(((((.........)))))..((((((((..(((.......((((.......))))...)))))))))))..((((((.(((((.....((((....
...)))).......(((((...(((......))))))))(((.((((...))))....)))(((.(((((......((((......))))......))))
).))))))))))))))))).))))))..((((...(((((((.(((...)))..))))))).))))..)))))))...)).))))))))))))))))..)
)...)))
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record
CACGGCATGACAGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACAACAAACCAACATTCTAGTCTTGAGAATAAGTTCATTGCAGCAGGATTTTCAAGAAGAGAATCCA
GAATTATTATATGGAAAGATAACAACCTCTTAGTGACTTACTACTCCCAATGAAAGGGAATTGTTTGAGGGGTATCACTGGCTGCGGACCCATCATATCC
CAAATGAAACACTCCAGGGCAATGAACATTATCATCCTGATCACTGGATACCAGAACAGATTCCATGGGCTCTACACTGTGATTATGCAGGCTTGTGCCC
AAGGACCGCACCAGTGGCATTGAACTAGGCGGCATCATTTGGCTCAAACTGATACCAGATGTCTGTGTTGTTGGTGATGACAGAAGAGAGAGAGCACAAT
CTGAGTC
dot-bracket secondary structure
)..(((..((..((((((((((((((((.((..........(((((((((((.......))))..((((((.(((....((((((((.....)))))))).
...(((((.........)))))..((((((((..(((.......((((.......))))...)))))))))))..((((((.(((((.....((((....
...)))).......(((((...(((......))))))))(((.((((...))))....)))(((.(((((......((((......))))......))))
).))))))))))))))))).))))))..((((...(((((((.(((...)))..))))))).))))..)))))))...)).))))))))))))))))..)
)...)))
SIMILARITIES| miRBase sbi-MIR156d: 3.0E-7 PMRD csi-miR156b: 0 microPC miR157: 9.0E-5 | UniProt no hits RFAM 6mir-156: 0.0004 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record
