ABOUT THIS RECORDspecies: Hordeum vulgare
miRNA family: MIRf341
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Hordeum vulgare Hordeum Triticeae Pooideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA CTCCGTTCCTAAATATAAGCC miRNA* CTTATATTTAGGAACAGAGGG mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
ATATGTCCAACATACTTGTTGCCTTTGAAAGTTTCTACTAAGTTGAACTACCTCCGTTCCTAAATATAAGCCTTTTTAAAGATTTCACTGGGGACTATAT
ACGGAGCAAAATAAGCAAATCCATACTTTAATGTGTGTCTATATACACCCGTATATAGTTTTCCTAGGAAAACTCTTAAAAAACTTATATTTAGGAACAG
AGGGAATAATCGAGAAATCAGTTGCTATGTATGC
dot-bracket secondary structure
..........(((((.....((..((((...(((((.....((((.....((((.(((((((((((((((..(((((.((((((((.(((((((((((((
((((......(((.(((....(((......)))..))).)))......)))))))))))..))))))))))..)))).)))))))))))))))))))).)
)))...))))..)))))))))..))...))))).
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
ATATGTCCAACATACTTGTTGCCTTTGAAAGTTTCTACTAAGTTGAACTACCTCCGTTCCTAAATATAAGCCTTTTTAAAGATTTCACTGGGGACTATAT
ACGGAGCAAAATAAGCAAATCCATACTTTAATGTGTGTCTATATACACCCGTATATAGTTTTCCTAGGAAAACTCTTAAAAAACTTATATTTAGGAACAG
AGGGAATAATCGAGAAATCAGTTGCTATGTATGC
dot-bracket secondary structure
..........(((((.....((..((((...(((((.....((((.....((((.(((((((((((((((..(((((.((((((((.(((((((((((((
((((......(((.(((....(((......)))..))).)))......)))))))))))..))))))))))..)))).)))))))))))))))))))).)
)))...))))..)))))))))..))...))))).
SIMILARITIES| miRBase tae-MIR1126: 0.0000000002 PMRD tae-miR1126: 0.0000000002 microPC no hits | UniProt no hits RFAM MIR1122: 0.0000000000002 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
