ABOUT THIS RECORDspecies: Lotus japonicus
miRNA family: MIR166
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Lotus japonicus Lotus Loteae Papilionoideae Fabaceae Fabales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCGGACCAGGCTTCATTCCTC miRNA* TTGGAATGTGGTTTGATCCGAAA mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
GCTTGTAATTGAAGACGGAAAGGGTGGTGTTTGGAATGTGGTTTGATCCGAAATCATTGTCTCTGCCCCATTTTTAACTTTGCTTGTTTTCAAAGAGAGT
GAAAGAGAGATCATATAGGAAAAAGGGTGTTTGGAATTAATGAGGTTTGATCCAAGATCATAACATCATCTCTTCCTTTTTCCTTGATTTCTGATTTATT
TTCATATACCTATCTCATCACTTCATGCATGGGATATTGAGACTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCTCACCCCTACCTTTCCCTTGTATAGAAGCA
dot-bracket secondary structure
((((.((..((..((.(((((((..((((...((((((.((((((.(((((.(((...(((((...((((..........(((.((........((((((
(((((((((((((...(((((((((((.....(((....((((.((((((((...))))).))).)))).))))))))))))))))))))))......))
))))).......)))).......)).))))))).....))))).))).))))).)))))).)))))).))))....))))))).)).)))).)))).
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
GCTTGTAATTGAAGACGGAAAGGGTGGTGTTTGGAATGTGGTTTGATCCGAAATCATTGTCTCTGCCCCATTTTTAACTTTGCTTGTTTTCAAAGAGAGT
GAAAGAGAGATCATATAGGAAAAAGGGTGTTTGGAATTAATGAGGTTTGATCCAAGATCATAACATCATCTCTTCCTTTTTCCTTGATTTCTGATTTATT
TTCATATACCTATCTCATCACTTCATGCATGGGATATTGAGACTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCTCACCCCTACCTTTCCCTTGTATAGAAGCA
dot-bracket secondary structure
((((.((..((..((.(((((((..((((...((((((.((((((.(((((.(((...(((((...((((..........(((.((........((((((
(((((((((((((...(((((((((((.....(((....((((.((((((((...))))).))).)))).))))))))))))))))))))))......))
))))).......)))).......)).))))))).....))))).))).))))).)))))).)))))).))))....))))))).)).)))).)))).
SIMILARITIES| miRBase mtr-MIR166f: 0.000000000001 PMRD mtr-miR166c: 0.00000000002 microPC miR166: 0.000000004 | UniProt no hits RFAM mir-166: 3e-16 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
