ABOUT THIS RECORDspecies: Lotus japonicus
miRNA family: MIR166
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Lotus japonicus Lotus Loteae Papilionoideae Fabaceae Fabales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCGGACCAGGCTTCATTCCTC miRNA* TTGGAATGTGGTTTGATCCGAAA mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
AGCTTGTAATTGAAGACGGAAAGGGTGGTGTTTGGAATGTGGTTTGATCCGAAATCATTGTCTCTGCCCCATTTTTAACTTTGCTTGTTTTCAAAGAGAGT
GAAAGAGAGATCATATAGGAAAAAGGGTGTTTGGAATTAATGAGGTTTGATCCAAGATCATAACATCATCTCTTCCTTTTTCCTTGATTTCTGATTTATT
TTCATATACCTATCTCATCACTTCATGCATGGGATATTGAGACTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCTCACCCCTACCTTTCCCTTGTATAGAAGCA
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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SIMILARITIES| miRBase mtr-MIR166f: 1.0E-12 PMRD mtr-miR166c: 2.0E-11 microPC miR166: 4.0E-9 | UniProt no hits RFAM 6mir-166: 3.0E-16 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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