ABOUT THIS RECORDspecies: Centaurea maculosa
miRNA family: MIR394
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Centaurea maculosa Centaurea Centaureinae Cardueae Carduoideae Asteraceae Asterales campanulids asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA AGGTGGACATACTGTCAACGG miRNA* TTGGCATTCTGTCCACCTCC mismatches: 3 bulges: 1 |
pre-miRNA
TCAATTCATGGCGGTTTAATAAAGGGTTTCCTGCAGATTTCTTTGGCATTCTGTCCACCTCCCTATTCATGTATCAAACCCCACTATAGGAAAAGCTAAA
AAGAAAGAAAAAGAAAAAGAAACCCGTGTGTGTAATTAGGGTTTCGTAGTTTGCTAAGAAAAAAAAAAGAAAAAAGAAAGAATCTAAGGCAAGATTTTTT
CTTTTGTGTGTGTAATTAGTGTGTGGAGGTGGACATACTGTCAACGGAGCTCTGTTGGTATCTCTTTGTAAAACCCTCTTGAAGTT
dot-bracket secondary structure
....((((.((.(((((.((((((((...((.(((((.((((((((((...(((((((((((.(((((.((((...........)))).)))((((((..
..................(((((((..((.....))..))))))).))))))(((((..............((((((((((((((......)))))))))
)))))..........))))).)).)))))))))))...)))))).)))).))))).))...)))))))).))))).)).))))...
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
TCAATTCATGGCGGTTTAATAAAGGGTTTCCTGCAGATTTCTTTGGCATTCTGTCCACCTCCCTATTCATGTATCAAACCCCACTATAGGAAAAGCTAAA
AAGAAAGAAAAAGAAAAAGAAACCCGTGTGTGTAATTAGGGTTTCGTAGTTTGCTAAGAAAAAAAAAAGAAAAAAGAAAGAATCTAAGGCAAGATTTTTT
CTTTTGTGTGTGTAATTAGTGTGTGGAGGTGGACATACTGTCAACGGAGCTCTGTTGGTATCTCTTTGTAAAACCCTCTTGAAGTT
dot-bracket secondary structure
....((((.((.(((((.((((((((...((.(((((.((((((((((...(((((((((((.(((((.((((...........)))).)))((((((..
..................(((((((..((.....))..))))))).))))))(((((..............((((((((((((((......)))))))))
)))))..........))))).)).)))))))))))...)))))).)))).))))).))...)))))))).))))).)).))))...
SIMILARITIES| miRBase ptc-MIR394b: 0.000000000000004 PMRD ptc-miRf10096-akr: 0.000000001 microPC miR394: 0.00006 | UniProt no hits RFAM MIR394: 0.00002 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
