ABOUT THIS RECORDspecies: Sorghum bicolor
miRNA family: MIR812
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Sorghum bicolor Sorghum Andropogoneae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTGAATAAGACGAGTGGTCAA miRNA* GACCACTCGTCTTATTCAAAG mismatches: 0 bulges: 0 |
pre-miRNA
TTTTTTAATATCAAGTTTGACCACTCGTCTTATTCAAAGTTTTGTACAAAATATCACTTTTTTTTGTTGTGTATTGGTTTATTAATAAAAATTCTTCAAG
AATGACTTAAAATTTGACTATATTTGCACAAATTTTTTGAATAAGACGAGTGGTCAAACTTGAGGTAAAAAAGTCA
dot-bracket secondary structure
(((((((...(((((((((((((((((((((((((((((.(((((.((((((((((..((((...(((((...((((...(((......)))...)))).
.)))))..))))..))).))).)))).)))))..)))))))))))))))))))))))))))))..)))))))....
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
TTTTTTAATATCAAGTTTGACCACTCGTCTTATTCAAAGTTTTGTACAAAATATCACTTTTTTTTGTTGTGTATTGGTTTATTAATAAAAATTCTTCAAG
AATGACTTAAAATTTGACTATATTTGCACAAATTTTTTGAATAAGACGAGTGGTCAAACTTGAGGTAAAAAAGTCA
dot-bracket secondary structure
(((((((...(((((((((((((((((((((((((((((.(((((.((((((((((..((((...(((((...((((...(((......)))...)))).
.)))))..))))..))).))).)))).)))))..)))))))))))))))))))))))))))))..)))))))....
SIMILARITIES| miRBase osa-MIR818e: 0.00000000001 PMRD osa-miRf10207-akr: 0.00000000001 microPC miR806: 0.0000001 | UniProt no hits RFAM MIR812: 3e-64 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
