ABOUT THIS RECORDspecies: Medicago truncatula
miRNA family: MIR2111
source: miRBase, original name: mtr-MIR2111n (MI0011842)
Taxonomy by NCBI:
Medicago truncatula Medicago Trifolieae Papilionoideae Fabaceae Fabales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TAATCTGCATCCTGAGGTTTA miRNA* AGCCTTGGAGTGCAGATTATC mismatches: 4 bulges: 0 |
pre-miRNA
TAACAGCTGCGTAATTGTATCTAAGCCTTGGAGTGCAGATTATCTCTTCCTTAACCCCAATAGGCGTAGAACTATGAAATTGTTGGGTTTCAAATGTGAG
TGATTAAGTCTCACATCAATTTGAAATGAAGAAAATGTTTGATATAAAGTGATGCGACACATATACTTAATATCTTAAGGAATTGGGTGAAGATATGGTG
TCAAAGTCTCTTAGAGATCCTCGATGTATAGCCTATTACCGCTCCCGCCGCTCCCAAGACTACACAACACATATCAACATGACGGTTTCCATTTTCCTTT
AGAGCAATAAGTCTTCTTGATGGAGTCGGTATAATTATTGGGTAAGGATTAGATAATCTGCATCCTGAGGTTTATAGCAATATTGTAGTTGTT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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degradome data
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evidence: 454
references
[1] Lelandais-Briere C, Naya L, Sallet E, Calenge F, Frugier F, Hartmann C, Gouzy J, Crespi M, Plant Cell. 21:2780-2796(2009)., "Genome-wide Medicago truncatula small RNA analysis revealed novel microRNAs and isoforms differentially regulated in roots and nodules"
TAACAGCTGCGTAATTGTATCTAAGCCTTGGAGTGCAGATTATCTCTTCCTTAACCCCAATAGGCGTAGAACTATGAAATTGTTGGGTTTCAAATGTGAG
TGATTAAGTCTCACATCAATTTGAAATGAAGAAAATGTTTGATATAAAGTGATGCGACACATATACTTAATATCTTAAGGAATTGGGTGAAGATATGGTG
TCAAAGTCTCTTAGAGATCCTCGATGTATAGCCTATTACCGCTCCCGCCGCTCCCAAGACTACACAACACATATCAACATGACGGTTTCCATTTTCCTTT
AGAGCAATAAGTCTTCTTGATGGAGTCGGTATAATTATTGGGTAAGGATTAGATAATCTGCATCCTGAGGTTTATAGCAATATTGTAGTTGTT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase mtr-MIR2111l: 7e-30 PMRD ptc-miRf11953-akr: 0.0003 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
degradome data
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evidence: 454
references
[1] Lelandais-Briere C, Naya L, Sallet E, Calenge F, Frugier F, Hartmann C, Gouzy J, Crespi M, Plant Cell. 21:2780-2796(2009)., "Genome-wide Medicago truncatula small RNA analysis revealed novel microRNAs and isoforms differentially regulated in roots and nodules"
