ABOUT THIS RECORDspecies: Citrus sinensis
miRNA family: MIR169
source: miRBase, original name: csi-MIR169 (MI0013300)
Taxonomy by NCBI:
Citrus sinensis Citrus Rutaceae Sapindales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA GAGCCAAGAATGACTTGCCGA miRNA* GGCAGGCCATTCTTGTCTCAA mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
ATCAAGTGCTACCTTATATACAGAATAGAAAGAATAACAAAGGTTGGAAATTGGTCTAGGGTTTCTTATATGAAGGGATAAATAGAGGATCTAGAGCCAA
GAATGACTTGCCGACGGCATTGACCATAATATCATACGGCAGGCCATTCTTGTCTCAACTCCGCTCTCTATCTTCTCATCTGAGACTCTCGGACACTGAC
AACCAACCTCAGCAATGCAGCACCAGATGATTCTTTCTATTCTCAGGTGATCTATGATACTATGCTCATCTAATGAGCTCTGCGTCACATTTTTATTTTT
CCCCCATTTTTCTGACTTCTCCTCCTTGAGCCATTTTTCCAGATCCATGAACAGTACAAAATCTCTATTACAACCAACAGAGTTAAGCAATGCTGTTCTT
AATCATAAGCTTATTTTAGGGTGGCATATATTTTGCAATAATCTAGTTAGAAATAATTAAAAGTTTTTTCTTGGAGCTTTGGCGTTTCTCCTGGCATTTG
TACAACCTTTTATGCAAACAGTTGTAGAATTGGGGATGACACAATCTTTGGTTGGAGTGTGATTTTATGCTGTATTTATTATGCACACAATAGCAGGCTC
GTCGATCCTCTGTTCATGCAAGAACTAGAGCGAAGGAATAGATAGCTTGATTATCGAACAAATTAAAATAATTAATCGTGCATCAATTTTGACAAGGAGT
GAGGAACCTCTCCTCATCTGCATTATCATGAAATTTTAATAATTTTGTACATATC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
additional data
download this record
evidence: Northern
references
[1] Song C, Fang J, Li X, Liu H, Thomas Chao C, Planta. 230:671-685(2009)., "Identification and characterization of 27 conserved microRNAs in citrus"
ATCAAGTGCTACCTTATATACAGAATAGAAAGAATAACAAAGGTTGGAAATTGGTCTAGGGTTTCTTATATGAAGGGATAAATAGAGGATCTAGAGCCAA
GAATGACTTGCCGACGGCATTGACCATAATATCATACGGCAGGCCATTCTTGTCTCAACTCCGCTCTCTATCTTCTCATCTGAGACTCTCGGACACTGAC
AACCAACCTCAGCAATGCAGCACCAGATGATTCTTTCTATTCTCAGGTGATCTATGATACTATGCTCATCTAATGAGCTCTGCGTCACATTTTTATTTTT
CCCCCATTTTTCTGACTTCTCCTCCTTGAGCCATTTTTCCAGATCCATGAACAGTACAAAATCTCTATTACAACCAACAGAGTTAAGCAATGCTGTTCTT
AATCATAAGCTTATTTTAGGGTGGCATATATTTTGCAATAATCTAGTTAGAAATAATTAAAAGTTTTTTCTTGGAGCTTTGGCGTTTCTCCTGGCATTTG
TACAACCTTTTATGCAAACAGTTGTAGAATTGGGGATGACACAATCTTTGGTTGGAGTGTGATTTTATGCTGTATTTATTATGCACACAATAGCAGGCTC
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GAGGAACCTCTCCTCATCTGCATTATCATGAAATTTTAATAATTTTGTACATATC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC miR169: 5e-29 | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: miR169 from microPC (MNEST046402) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
additional data
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evidence: Northern
references
[1] Song C, Fang J, Li X, Liu H, Thomas Chao C, Planta. 230:671-685(2009)., "Identification and characterization of 27 conserved microRNAs in citrus"
