ABOUT THIS RECORDspecies: Populus deltoides
source: microPC, original name: miR159
Taxonomy by NCBI:
Populus deltoides Populus Saliceae Salicaceae Malpighiales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTTGGATTGAAGGGAGCTCT miRNA* GGCTCCTTGAAGTCCAATAGA mismatches: 2 bulges: 1 |
pre-miRNA
AGGGCTCCTTGAAGTCCAATAGAGGTTCTTGCTGGGTAGATTAAGCTGCTAAGCTATGGATCCACAGCCCTATCTATCAACTGAAGGATAGGTTTGCGGC
TTGCATATCTCAGGAGCTTTATTGCCTAATGTTAGATCCCTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCT
dot-bracket secondary structure
((((((((((..(((((((.(((((.(((.(((((((((...(((((.((.((.((((.(.((.(((.(((((((.((....)).))))))).))).)).
.).)))).)).)).)))))..)))))))..)).)))..))))))))))))..))))))))))
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
download this record
AGGGCTCCTTGAAGTCCAATAGAGGTTCTTGCTGGGTAGATTAAGCTGCTAAGCTATGGATCCACAGCCCTATCTATCAACTGAAGGATAGGTTTGCGGC
TTGCATATCTCAGGAGCTTTATTGCCTAATGTTAGATCCCTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCT
dot-bracket secondary structure
((((((((((..(((((((.(((((.(((.(((((((((...(((((.((.((.((((.(.((.(((.(((((((.((....)).))))))).))).)).
.).)))).)).)).)))))..)))))))..)).)))..))))))))))))..))))))))))
SIMILARITIES| miRBase ptc-MIR159a: 1e-84 PMRD ptc-miR159a: 1e-84 microPC miR159: 9e-89 | UniProt no hits RFAM MIR159: 6e-81 |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
download this record
