ABOUT THIS RECORDspecies: Solanum lycopersicum
source: PMRD, original name: sly-miR1916
Taxonomy by NCBI:
Solanum lycopersicum Lycopersicon Solanum Solaneae Solanoideae Solanaceae Solanales lamiids asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA ATTTCACTTAGACACCTCAA miRNA* GAAGTGCCTAAGTGAAATTT mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
GCCTAACTTATTGGTGACCTCTTAAATTTGGCACGAAATTTCACTTAGACACCTCAAGTAAAGTGATGTTCATTTTAGACAGCTCATGTAAGGTCTTGTT
GTGTCATTTTGATACAACAAAACCCTACATGAGGTGTCTAAAATGAACATCGCCTACTTGAAGTGCCTAAGTGAAATTTCGTGTCAAGTTTAAAGGATCA
CCAATGAATTAGGC
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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[1] Moxon S, Jing R, Szittya G, Schwach F, Rusholme Pilcher RL, Moulton V, Dalmay T, Genome Res. 18:1602-1609(2008)., "Deep sequencing of tomato short RNAs identifies microRNAs targeting genes involved in fruit ripening"
GCCTAACTTATTGGTGACCTCTTAAATTTGGCACGAAATTTCACTTAGACACCTCAAGTAAAGTGATGTTCATTTTAGACAGCTCATGTAAGGTCTTGTT
GTGTCATTTTGATACAACAAAACCCTACATGAGGTGTCTAAAATGAACATCGCCTACTTGAAGTGCCTAAGTGAAATTTCGTGTCAAGTTTAAAGGATCA
CCAATGAATTAGGC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase sly-MIR1916: 1e-119 PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: sly-MIR1916 from miRBase (MNEST041550) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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[1] Moxon S, Jing R, Szittya G, Schwach F, Rusholme Pilcher RL, Moulton V, Dalmay T, Genome Res. 18:1602-1609(2008)., "Deep sequencing of tomato short RNAs identifies microRNAs targeting genes involved in fruit ripening"
