ABOUT THIS RECORDspecies: Citrus sinensis
miRNA family: MIRf917
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Citrus sinensis Citrus Rutaceae Sapindales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA GCTCTCTCTCTTCTGTCAAAT miRNA* AAACAGAGCCGAGGAGCAA mismatches: 4 bulges: 2 |
pre-miRNA
ACTCAAACTGTGCTCTCTCTCTTCTGTCAAATCAACCATGGGGCTCTAAGAACCCGACACCGGGTCATGGAGTGGGTGACTTAATGCATGCCCATACCAA
ATCCGTCACTCAACCAGTATCGCCCCATGGAGCAGCTATTAATCAATATCCAAACATGTCATGGGGTTTCAAGGGCAATGCAGCTGGTAACAGTTCACAC
CAGATGGCCCCACAACTGGGTTTGGCTCCAACATCCGTGCCCATTAACAGTCAGTTTTCTGGTGAGCTGGAGTCGTCTCAACAGAGTAGGCAATACATGA
AACTTCAGCATTCCCAGGGATTATGATGACTCCAACCACCAGATTCATTGGTCCCTCTAAGTGCCGGGTTCTGAAGAAACTTGTGTGCACCAAACACTTC
CCTGGTTTTGTGGTTGCACCGAGAGGCAAGCAAAAATTTAAAGATAGATTCAAGCAATATCACCTTTTAGGGTGGAAATGACGGGAAGCCAAGAGCCATA
AGGAGTGGGTGGCTCCAAGAAGGAAAAAAGCCAAACAGCGAGCGTGACCGGCACATAAACAGAGCCGAGGAGCAAACGGAGAG
dot-bracket secondary structure
.(((......(((((.(((..((((((...((...(((((((((..((.((.((((....)))))).(((..((((((((....................
....)))))))).))).))..))))))))).((((((...........((((.........))))........)))..))).((((((.((.((((...(
(..(((((((((....))))(((((((((..(((...((((....(((.....))).(((((((...((((((((((...........((.(((...(((
....)))..))).)).........))))))))))..)))))))(((.((((.(((..........)))..)))).))).((((.((((((((((.(((..
...))).)).))).))))))))).)))).((...((((((....))))))...))....((((((....))))))..)))...)).))))))).))))).
.))..((..(((((((.....))).....))))..))..)))))).))))))..))..))))))..))))))))....)))..
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record
ACTCAAACTGTGCTCTCTCTCTTCTGTCAAATCAACCATGGGGCTCTAAGAACCCGACACCGGGTCATGGAGTGGGTGACTTAATGCATGCCCATACCAA
ATCCGTCACTCAACCAGTATCGCCCCATGGAGCAGCTATTAATCAATATCCAAACATGTCATGGGGTTTCAAGGGCAATGCAGCTGGTAACAGTTCACAC
CAGATGGCCCCACAACTGGGTTTGGCTCCAACATCCGTGCCCATTAACAGTCAGTTTTCTGGTGAGCTGGAGTCGTCTCAACAGAGTAGGCAATACATGA
AACTTCAGCATTCCCAGGGATTATGATGACTCCAACCACCAGATTCATTGGTCCCTCTAAGTGCCGGGTTCTGAAGAAACTTGTGTGCACCAAACACTTC
CCTGGTTTTGTGGTTGCACCGAGAGGCAAGCAAAAATTTAAAGATAGATTCAAGCAATATCACCTTTTAGGGTGGAAATGACGGGAAGCCAAGAGCCATA
AGGAGTGGGTGGCTCCAAGAAGGAAAAAAGCCAAACAGCGAGCGTGACCGGCACATAAACAGAGCCGAGGAGCAAACGGAGAG
dot-bracket secondary structure
.(((......(((((.(((..((((((...((...(((((((((..((.((.((((....)))))).(((..((((((((....................
....)))))))).))).))..))))))))).((((((...........((((.........))))........)))..))).((((((.((.((((...(
(..(((((((((....))))(((((((((..(((...((((....(((.....))).(((((((...((((((((((...........((.(((...(((
....)))..))).)).........))))))))))..)))))))(((.((((.(((..........)))..)))).))).((((.((((((((((.(((..
...))).)).))).))))))))).)))).((...((((((....))))))...))....((((((....))))))..)))...)).))))))).))))).
.))..((..(((((((.....))).....))))..))..)))))).))))))..))..))))))..))))))))....)))..
SIMILARITIES| miRBase far-MIR156b: 0.0000001 PMRD gra-miR157d: 0.0000000000001 microPC miR157: 0.0001 | UniProt sp|Q700W2|SPL9_ARATH: 0.00009 RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record
