ABOUT THIS RECORDspecies: Oryza sativa
miRNA family: MIR810
source: miRBase, original name: osa-MIR810b (MI0006986)
Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa Oryza Oryzeae Ehrhartoideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA AAGTGATTTAATTATGCCGTT miRNA* CGGCATAATTAGATCACTTGA mismatches: 0 bulges: 0 |
pre-miRNA
AGCCCACCACATGTGGCTCGCATGCTTAAATAACTAACGGCATAATTAGATCACTTGATGACGACGTATATCGGTGTTCGCTATATATACTATCTACTGG
TAAGTATATCTTTAATATACTTACCAGTAGATAGTATATATAGTGAACACCGATATGCGTCATCATCAAGTGATTTAATTATGCCGTTAGTTAAGCATGC
GAGCCACATGTGGTGAGCTTACG
dot-bracket secondary structure
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[1] Lu C, Jeong DH, Kulkarni K, Pillay M, Nobuta K, German R, Thatcher SR, Maher C, Zhang L, Ware D, Liu B, Cao X, Meyers BC, Green PJ, Proc Natl Acad Sci U S A. 105:4951-4956(2008)., "Genome-wide analysis for discovery of rice microRNAs reveals natural antisense microRNAs (nat-miRNAs)"
[2] Sunkar R, Zhou X, Zheng Y, Zhang W, Zhu JK, BMC Plant Biol. 8:25(2008)., "Identification of novel and candidate miRNAs in rice by high throughput sequencing"
AGCCCACCACATGTGGCTCGCATGCTTAAATAACTAACGGCATAATTAGATCACTTGATGACGACGTATATCGGTGTTCGCTATATATACTATCTACTGG
TAAGTATATCTTTAATATACTTACCAGTAGATAGTATATATAGTGAACACCGATATGCGTCATCATCAAGTGATTTAATTATGCCGTTAGTTAAGCATGC
GAGCCACATGTGGTGAGCTTACG
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SIMILARITIES| miRBase osa-MIR810b: 5e-125 PMRD osa-miR810a: 5e-57 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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[1] Lu C, Jeong DH, Kulkarni K, Pillay M, Nobuta K, German R, Thatcher SR, Maher C, Zhang L, Ware D, Liu B, Cao X, Meyers BC, Green PJ, Proc Natl Acad Sci U S A. 105:4951-4956(2008)., "Genome-wide analysis for discovery of rice microRNAs reveals natural antisense microRNAs (nat-miRNAs)"
[2] Sunkar R, Zhou X, Zheng Y, Zhang W, Zhu JK, BMC Plant Biol. 8:25(2008)., "Identification of novel and candidate miRNAs in rice by high throughput sequencing"
