ABOUT THIS RECORDspecies: Picea sitchensis
miRNA family: miR946a
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Picea sitchensis Picea Pinaceae Coniferales Coniferopsida Coniferophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TGTGGATATAGAAGGGTTAGT miRNA* CAGCCCTTCTGCTATCCACAAC mismatches: 1 bulges: 1 |
pre-miRNA
GGAGCTGTTTTCTTGCAGTATGAAGAAATTGATGCGTTCAGAGTGTACAGATGTGGATATAGAAGGGTTAGTTAGTAAACAGTACGAAGCCCATCTAATA
GAGATTCCATGAGAGGCATTTTATTGCAAGATGTTGGCTGTTCGAGATCAAGCGACTGTGTTCGAGCAGTGCATTTTAATGGCAATACTCATTAAATGGG
TTGCCTGTTTTTTCTTTACCAGCCCTTCTGCTATCCACAACAGTACTAGTTTGCTCACATCAATTTCTTCGACGGCAATAAAAAATTAT
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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GGAGCTGTTTTCTTGCAGTATGAAGAAATTGATGCGTTCAGAGTGTACAGATGTGGATATAGAAGGGTTAGTTAGTAAACAGTACGAAGCCCATCTAATA
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SIMILARITIES| miRBase pta-MIR946a: 2e-17 PMRD pta-miR946a: 2e-17 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
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