miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse

Species belonging to selected taxon:

Zingiber officinale



ABOUT THIS RECORD

ID: MNEST002845
species: Zingiber officinale
miRNA family: MIR167
source: miRNEST

Taxonomy by NCBI:
Zingiber officinale Zingiber Zingiberaceae Zingiberales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms






SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
TGAAGCTGCCAGCATGATCTG

miRNA*
GATCATCTGGCAGTTTCAAT

mismatches: 0
bulges: 1

View larger
pre-miRNA
TTAAATTGTTGGAATGAAGAGGTTGAAGCTGCCAGCATGATCTGGTCATGTAGTTCCTTCTGCTTGCTTTTTCTTTGAAAGTTTTTCGCAAAAAAAAAAG
AAGTCATCTTTCGAGTGTTTAATCGCATCAATTCTTTTTTCACGTCGTAACTAGTTTTAAGTTTCTCCTTCTTCTCTCCTTGTTATCTCTATATTAAATC
TTCGAAATGAATTCTGCAGGGTTTCAATCTGATTTCTATTAGAAAAGAAAAGAAACAAAAAAAAAAAAATATTAGTGTTTGTGATTGGAGGTACCTGTGG
AAGAAATAGTGCAAGTTTTGATTTCTCAGGAATTAAGGATAAAGAAACTTAATTTATTGATCTATCAATTGTTTTCCTCTATCTGAAAGTCTAACAATGA
TTGATCAATTAATTAAATCAAGAGGGCGAAGAGGAGGAATTCCTTGTTTTCATTTCATCAGATCATCTGGCAGTTTCAATCCCTCAATTTCCCAACAGAA


dot-bracket secondary structure
.....((((((((((...(((((((((((((((((.((((((((((.(((.((((((((((..(((((((((.(((((.((((...((.....(((((((
((.........(((........)))......))))))))).....)).))))....((((((((((..........((((((...(((....((((((.(
((((..((...(((((((((.((((((((...(((((........)))))..(((((..................)))))..))))))))...)))))))
))...))..)).))).))))))......)))..))))))...))))))))))((.(((((((.((((.(((((.....((.......))...))))))))
).))))))).)))))))...)))))))))..)))))))))).........)))...)))))))))))))))))))))))..)))).)))..)))))))..



SIMILARITIES
miRBase sbi-MIR167c: 0.000000007

PMRD vvi-miR167a: 0.000000007

microPC miR167: 0.00003
UniProt no hits

RFAM MIR167_1: 0.0000001
most similar mature miRNAs

MORE

miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record





Liczniki na strone;