ABOUT THIS RECORDspecies: Hordeum vulgare
miRNA family: MIRf341
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Hordeum vulgare Hordeum Triticeae Pooideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TATAGTACTCCCTCCGTCCCG miRNA* GGAAGGGGGAAGGTATTTTAAC mismatches: 4 bulges: 1 |
pre-miRNA
GAGATGGAGAGCTGATTGTCGTCGATGCTTATATAGTACTCCCTCCGTCCCGGAAATANCTNGNTCTAAGAAATGTTTTGGTTCTAAGAAAATGGTACAA
AAATGGGNNACGTATCTTNCCATTAAACTAAAAAATTAAAAATCTTAGGATTACCATTCNTAATTTTTCTTAAGGAACAAAAGGTATTTTTATTGGAAAC
CAGGAAGGGGGAAGGTATTTTAACCAAAAAAAGGGGAACCTTGGGCCATTTA
dot-bracket secondary structure
.((((((.((((.(((....)))...)))).((.((((((.(((((.(((.((...........(((((((((((((((.((((((((((((...((..(
(..(((.......((((..............................))))..)))))..))..)))))))..)))))..))))))))))..)))))..)
).))).)))))..)))))).)).((.....((((....)))).)))))))).
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
Source sequences
degradome data
download this record
GAGATGGAGAGCTGATTGTCGTCGATGCTTATATAGTACTCCCTCCGTCCCGGAAATANCTNGNTCTAAGAAATGTTTTGGTTCTAAGAAAATGGTACAA
AAATGGGNNACGTATCTTNCCATTAAACTAAAAAATTAAAAATCTTAGGATTACCATTCNTAATTTTTCTTAAGGAACAAAAGGTATTTTTATTGGAAAC
CAGGAAGGGGGAAGGTATTTTAACCAAAAAAAGGGGAACCTTGGGCCATTTA
dot-bracket secondary structure
.((((((.((((.(((....)))...)))).((.((((((.(((((.(((.((...........(((((((((((((((.((((((((((((...((..(
(..(((.......((((..............................))))..)))))..))..)))))))..)))))..))))))))))..)))))..)
).))).)))))..)))))).)).((.....((((....)))).)))))))).
SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
Source sequences
degradome data
download this record
