ABOUT THIS RECORDspecies: Raphanus raphanistrum
miRNA family: MIR858
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Raphanus raphanistrum Raphanus Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA CTTCGTTTTCTGTTCGACCTT miRNA* GGTCGAACAGACAACGAAACA mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
CAGTGCGCAAACACTTGTCAACGGAGTAATCTCGATCTGATTCCATCTTATCTTCGTTTTCTGTTCGACCTTGGTTTTGGCTTTTACCATCACGTTAAAA
AAGGTTTTTAAATCACATATTAAGCTCTATGACGGCAAATTAAAAACCAAATGCAAATTTTGACTCCTTAGGAAGTAACGACTCTTAATAACAAGGCTAG
TTCTTTCGACTCCTTAGGACGTAACGACTCTTAATTGTTGTATATGAAAAATTAGTGATATTACAGTATATCTTTTTTTTTGAAAATAAGTATGTCAGTA
TATCAATATTAACAATACTCATGGTCTTGCGTATGTGCAGATGCAACAAGCATGCTGAGCTATACAGACTTCTTTCACGTCAATAAGTTCTATATACATG
TCTATGTTGATTTGTACCCATGTACATAATATGTATATCATACTCAATGGGTAAAACATTCTCCCTCTAACCGGACTAACCTAAATGCTTTTAAACGAAT
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ATTGATTTATATATGTATTTTGAAAACTTAAACGCATACCATCAATCAAATAGAATATCGTATGTGTAGTGTTGTGTGTCTTGTATGGTTAAAAGTTAAA
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dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase aly-MIR858: 3e-31 PMRD ath-miR858: 2e-16 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
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non-miRNEST targets: none
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