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Species belonging to selected taxon:

Raphanus raphanistrum, Raphanus raphanistrum subsp. landra, Raphanus raphanistrum subsp. maritimus, Raphanus sativus, Raphanus sativus var. oleiformis



ABOUT THIS RECORD

ID: MNEST002354
species: Raphanus raphanistrum
miRNA family: MIR858
source: miRNEST

Taxonomy by NCBI:
Raphanus raphanistrum Raphanus Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms






SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
CTTCGTTTTCTGTTCGACCTT

miRNA*
GGTCGAACAGACAACGAAACA

mismatches: 2
bulges: 0

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pre-miRNA
CAGTGCGCAAACACTTGTCAACGGAGTAATCTCGATCTGATTCCATCTTATCTTCGTTTTCTGTTCGACCTTGGTTTTGGCTTTTACCATCACGTTAAAA
AAGGTTTTTAAATCACATATTAAGCTCTATGACGGCAAATTAAAAACCAAATGCAAATTTTGACTCCTTAGGAAGTAACGACTCTTAATAACAAGGCTAG
TTCTTTCGACTCCTTAGGACGTAACGACTCTTAATTGTTGTATATGAAAAATTAGTGATATTACAGTATATCTTTTTTTTTGAAAATAAGTATGTCAGTA
TATCAATATTAACAATACTCATGGTCTTGCGTATGTGCAGATGCAACAAGCATGCTGAGCTATACAGACTTCTTTCACGTCAATAAGTTCTATATACATG
TCTATGTTGATTTGTACCCATGTACATAATATGTATATCATACTCAATGGGTAAAACATTCTCCCTCTAACCGGACTAACCTAAATGCTTTTAAACGAAT
GTTTCCATATTTTAACAATTGTTTCTTCATATCGAAATTCGCTTGCATGCTTCTATACAACTTTATGCAAAATAAATAAAATCCGTATGTATATGAATAT
ATTGATTTATATATGTATTTTGAAAACTTAAACGCATACCATCAATCAAATAGAATATCGTATGTGTAGTGTTGTGTGTCTTGTATGGTTAAAAGTTAAA
ACTATCTATGTAAAACCATACCAAAAAATCCTGAGAAACTAAAAGTTTATATCGTCATCCGGATTATTCACAAATCGATATCATGTAATAGTTGATGATA
TGATCATAAGAAGGATGTATGAAAGAAATAATCGGATATAGGTTAACAAGGTTGGAGAACTGGGGTTTCCGAGGACAGATCGAGACCAAGGTCGAACAGA
CAACGAAACA
AAGATGGAAACACATAAGATTGCTCACGTTGACAAGCCTAGCATCGAA


dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
miRBase aly-MIR858: 3e-31

PMRD ath-miR858: 2e-16

microPC no hits
UniProt no hits

RFAM no hits
most similar mature miRNAs

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miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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