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Species belonging to selected taxon:

Brassica napus, Brassica oleracea var. alboglabra, Brassica rapa, Limnanthes alba, Raphanus raphanistrum, Raphanus raphanistrum subsp. landra, Raphanus raphanistrum subsp. maritimus, Raphanus sativus, Raphanus sativus var. oleiformis, Thellungiella halophila, Tropaeolum majus, Carica papaya, Arabidopsis thaliana, Brassica oleracea



ABOUT THIS RECORD

ID: MNEST002354
species: Raphanus raphanistrum
miRNA family: MIR858
source: miRNEST

Taxonomy by NCBI:
Raphanus raphanistrum Raphanus Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms






SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
CTTCGTTTTCTGTTCGACCTT

miRNA*
GGTCGAACAGACAACGAAACA

mismatches: 2
bulges: 0

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pre-miRNA
CAGTGCGCAAACACTTGTCAACGGAGTAATCTCGATCTGATTCCATCTTATCTTCGTTTTCTGTTCGACCTTGGTTTTGGCTTTTACCATCACGTTAAAA
AAGGTTTTTAAATCACATATTAAGCTCTATGACGGCAAATTAAAAACCAAATGCAAATTTTGACTCCTTAGGAAGTAACGACTCTTAATAACAAGGCTAG
TTCTTTCGACTCCTTAGGACGTAACGACTCTTAATTGTTGTATATGAAAAATTAGTGATATTACAGTATATCTTTTTTTTTGAAAATAAGTATGTCAGTA
TATCAATATTAACAATACTCATGGTCTTGCGTATGTGCAGATGCAACAAGCATGCTGAGCTATACAGACTTCTTTCACGTCAATAAGTTCTATATACATG
TCTATGTTGATTTGTACCCATGTACATAATATGTATATCATACTCAATGGGTAAAACATTCTCCCTCTAACCGGACTAACCTAAATGCTTTTAAACGAAT
GTTTCCATATTTTAACAATTGTTTCTTCATATCGAAATTCGCTTGCATGCTTCTATACAACTTTATGCAAAATAAATAAAATCCGTATGTATATGAATAT
ATTGATTTATATATGTATTTTGAAAACTTAAACGCATACCATCAATCAAATAGAATATCGTATGTGTAGTGTTGTGTGTCTTGTATGGTTAAAAGTTAAA
ACTATCTATGTAAAACCATACCAAAAAATCCTGAGAAACTAAAAGTTTATATCGTCATCCGGATTATTCACAAATCGATATCATGTAATAGTTGATGATA
TGATCATAAGAAGGATGTATGAAAGAAATAATCGGATATAGGTTAACAAGGTTGGAGAACTGGGGTTTCCGAGGACAGATCGAGACCAAGGTCGAACAGA
CAACGAAACA
AAGATGGAAACACATAAGATTGCTCACGTTGACAAGCCTAGCATCGAA


dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
miRBase aly-MIR858: 3e-31

PMRD ath-miR858: 2e-16

microPC no hits
UniProt no hits

RFAM no hits
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miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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