ABOUT THIS RECORDspecies: Theobroma cacao
miRNA family: MIRf536
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Theobroma cacao Theobroma Byttnerioideae Malvaceae Malvales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA CATTGGACTGAAGGGAGCTCC miRNA* AGCTCCTTTCAGTCCAATACA mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
GGGGGGCTAAGGAGCTCCTTTCAGTCCAATACAGGGGGCAGAGATGTGGATAGAGCTGCCATCTCATGCATTGGGTTATGCTTAGTGTTTTATTGGAAAG
ATTTGCCAATATTCATCACCCAAAAAAGAGGGAGAAGATTATGAATGTTGAGTTTAGCCCGATGCATGGTGTGGGAGCAACTCCTTCCACATACTTTGCC
CACCCATTGGACTGAAGGGAGCTCCTGGTTTCAT
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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SIMILARITIES| miRBase ptc-MIR319e: 2e-23 PMRD ptc-miRf10576-akr: 2e-23 microPC miR319: 0.0007 | UniProt no hits RFAM MIR159: 3e-25 | most similar mature miRNAs |
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