ABOUT THIS RECORDspecies: Phaseolus vulgaris
miRNA family: MIR166
source: miRBase, original name: pvu-MIR166a (MI0010704)
Taxonomy by NCBI:
Phaseolus vulgaris Phaseolus Phaseoleae Papilionoideae Fabaceae Fabales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCGGACCAGGCTTCATTCCCC miRNA* GGAATGTTGTCTGGCTCGAGG mismatches: 5 bulges: 0 |
pre-miRNA
ATCAGTTTCTACTTTCTAATCATCAACTTCTTCAAACACATCATATGAATATAGCTACCTAGGTGCTGTTTTCTTTTCCAACTTCCTCATATCTTGTTCA
TTCCTTGCAAAGGTGAGGTTGAGAGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGTCATGGAGGAGGAGAGTTCTCAGATAAACTCTTTCACCCAAAGTTTCCAATGGAA
ATTTACCCTCTAACACCAAAATGATTCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCACCCAACTTTTGCTATTTTCTTTCTCGTAATCTTCATATTTTGCATGCCC
CCATGCTTGTTTTTGCAGGATCAGAATTTTCAACTCACTACCCATCTTCTTTTGTTTTACCTGTAAATATCTTTATAAAGGCCGGTGAAAATTATAGGGA
AGGCAACTTCATAATTTACTTGGGAAAAAGGCTTGCCATCATTTTCATCAACATCTGAATGAATGTACTTCAGTGAAATGACAGTGACGAGTGTTGAAGG
CATGCACTCACTAGCCGCTGAAAGTTGCTGAGAAGCATATGCTAAATGTGAAAGAGTAATGAATGAAAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGTGCTGGAACAGTT
AACGAGAAGAAGTGAGAATCAGGAGAAGCTAGCAAGCTAGGGATTCTATGTGTCTGAGTCTGTGACTCTT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
additional data
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evidence: cloned, Northern
references
[1] Arenas-Huertero C, Perez B, Rabanal F, Blanco-Melo D, De la Rosa C, Estrada-Navarrete G, Sanchez F, Covarrubias AA, Reyes JL, Plant Mol Biol. 70:385-401(2009)., "Conserved and novel miRNAs in the legume Phaseolus vulgaris in response to stress"
ATCAGTTTCTACTTTCTAATCATCAACTTCTTCAAACACATCATATGAATATAGCTACCTAGGTGCTGTTTTCTTTTCCAACTTCCTCATATCTTGTTCA
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ATTTACCCTCTAACACCAAAATGATTCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCACCCAACTTTTGCTATTTTCTTTCTCGTAATCTTCATATTTTGCATGCCC
CCATGCTTGTTTTTGCAGGATCAGAATTTTCAACTCACTACCCATCTTCTTTTGTTTTACCTGTAAATATCTTTATAAAGGCCGGTGAAAATTATAGGGA
AGGCAACTTCATAATTTACTTGGGAAAAAGGCTTGCCATCATTTTCATCAACATCTGAATGAATGTACTTCAGTGAAATGACAGTGACGAGTGTTGAAGG
CATGCACTCACTAGCCGCTGAAAGTTGCTGAGAAGCATATGCTAAATGTGAAAGAGTAATGAATGAAAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGTGCTGGAACAGTT
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dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase gma-MIR166b: 5e-35 PMRD pvu-miR166: 2e-77 microPC miR166: 3e-64 | UniProt no hits RFAM mir-166: 0.0000000000002 |
Identical with: pvu-miR166 from PMRD (MNEST054379) |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
additional data
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evidence: cloned, Northern
references
[1] Arenas-Huertero C, Perez B, Rabanal F, Blanco-Melo D, De la Rosa C, Estrada-Navarrete G, Sanchez F, Covarrubias AA, Reyes JL, Plant Mol Biol. 70:385-401(2009)., "Conserved and novel miRNAs in the legume Phaseolus vulgaris in response to stress"
