ABOUT THIS RECORDspecies: Lactuca sativa
miRNA family: MIR157
source: PMRD, original name: lsa-miR157
Taxonomy by NCBI:
Lactuca sativa Lactuca Lactucinae Cichorieae Cichorioideae Asteraceae Asterales campanulids asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTGACAGAAGAGAGAGAGCAC miRNA* GGAGGAGACAGTTCCATAGCGAGTGGATAGCAGAGATGGCTTTCTTCTACGTTCATTGTGCCCA mismatches: 6 bulges: 1 |
pre-miRNA
TTGACAGAAGAGAGAGAGCACAGTTGGAGTCCTCACGGACTCCATTAAAACACCCTCCTGGTGGAACATAAGGAGGTGGATTATCCAGGTTGCTTTGCCA
TGGAAGCGGTGGGAACTTTTCTCCGGCAATTGGGAGGTCGATGGCGGCTCGAGGCGGTGGTGCCGCCCTTGTTCCTGGCCACTGAATCCTTCCTCTTGAG
CATGACGAAAAGTCCATTAGAAAGCCTCCAGAATTCCCATTGTTTTCAAAGATTGAGGAGGAGACAGTTCCATAGCGAGTGGATAGCAGAGATGGCTTTC
TTCTACGTTCATTGTGCCCAGCCAATCGTCTCCTGCAGCTTCTTTTTCCCTGGTCAA
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase far-MIR156b: 0.00000008 PMRD lsa-miR156: 0 microPC miR157: 0.00007 | UniProt sp|A3C057|SPL17_ORYSJ: 0.00000000000006 RFAM no hits |
Identical with: lsa-miR156 from PMRD (MNEST048683) |
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