ABOUT THIS RECORDspecies: Lotus japonicus
source: PMRD, original name: lja-miR157c
Taxonomy by NCBI:
Lotus japonicus Lotus Loteae Papilionoideae Fabaceae Fabales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTGACAGAAGATAGAGAGCAT miRNA* GCATCCCTGCAATGTGTACGGCATGAGCTTTGGCATGGTACTCACAAACCTTATGCCGCCGGTG mismatches: 6 bulges: 170 |
pre-miRNA
TTGACAGAAGATAGAGAGCATCCATGCATAGAGACCAGCAACACTATTTAAAAGGTTTCAATGGGTGACTTTATTAATTCATTTATATGCTTGCCTCAAT
GCCCATCTCATTGATGAAATCATTGTCCATGATAGTCAATTGCATTTTTGCGACGCCTCTCATTATGCCCAGCCAGACGCCTCCTACAACTCCTTTTAGA
GTCATCAAATTCTGATAGCTCATGGAATCTGCTACATTGCTGGCAAAACCGTTGATGCATCCCTGCAATGTGTACGGCATGAGCTTTGGCATGGTACTCA
CAAACCTTATGCCGCCGGTGGTACTGCTTAGCCTCACTTAGATCAGCATCACAATTTTCCACCTGACAAGAAGGTGGCACTGAGCTTCCACCTTTAGACC
CTCTCTTGCTATATAGATCTGTAACTACTCTCTTTCTTCTACCCTCTTCTTCTTCATCTT
dot-bracket secondary structure
.....((((((.((((((((((...(((((((((...((...((((((....((((..((((((((((.((....)).)))))))).))...))))((((
(..((((.....))))....))))).....))))))...(((((....))))).)).))))..)))))...(((((..............(((.....((
(..((((.....))))..)))..))).............))))).........))))).....((((((.((((..(((.(((....((((((((.....
...)))..)))))...(((((....((((((.........(((....)))........((((((.......))))))..))))))..)))))........
..))).)))..)))).)).)))).....))))).))))))....................
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
download this record
TTGACAGAAGATAGAGAGCATCCATGCATAGAGACCAGCAACACTATTTAAAAGGTTTCAATGGGTGACTTTATTAATTCATTTATATGCTTGCCTCAAT
GCCCATCTCATTGATGAAATCATTGTCCATGATAGTCAATTGCATTTTTGCGACGCCTCTCATTATGCCCAGCCAGACGCCTCCTACAACTCCTTTTAGA
GTCATCAAATTCTGATAGCTCATGGAATCTGCTACATTGCTGGCAAAACCGTTGATGCATCCCTGCAATGTGTACGGCATGAGCTTTGGCATGGTACTCA
CAAACCTTATGCCGCCGGTGGTACTGCTTAGCCTCACTTAGATCAGCATCACAATTTTCCACCTGACAAGAAGGTGGCACTGAGCTTCCACCTTTAGACC
CTCTCTTGCTATATAGATCTGTAACTACTCTCTTTCTTCTACCCTCTTCTTCTTCATCTT
dot-bracket secondary structure
.....((((((.((((((((((...(((((((((...((...((((((....((((..((((((((((.((....)).)))))))).))...))))((((
(..((((.....))))....))))).....))))))...(((((....))))).)).))))..)))))...(((((..............(((.....((
(..((((.....))))..)))..))).............))))).........))))).....((((((.((((..(((.(((....((((((((.....
...)))..)))))...(((((....((((((.........(((....)))........((((((.......))))))..))))))..)))))........
..))).)))..)))).)).)))).....))))).))))))....................
SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD pco-miR157: 0.0000000001 microPC no hits | UniProt sp|Q38741|SBP1_ANTMA: 8e-34 RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
download this record
