RetrogeneDB ID: retro_hsap_2974

Retrocopy location

• Organism: Human (Homo sapiens)
• Coordinates: 4:117300074..117300425(+)
• Located in intron of: None

Retrocopy information

• Ensembl ID: ENSG00000250272
• Aliases: None
• Status: KNOWN_PSEUDOGENE

Parental gene information

• Parental gene symbol: TRMT112
• Ensembl ID: ENSG00000173113
• Aliases: TRMT112, HSPC152, HSPC170, TRM112, TRMT11-2
• Description: tRNA methyltransferase 11-2 homolog (S. cerevisiae) [Source:HGNC Symbol;Acc:26940]

Sequence

>retro_hsap_2974
ATGAAACTGTTCACCCACCATGGGCTGAGTGTGCATGTGCAGGGAGTGGGACCCTGTGGCTTCCCCTGTGCCTCCATGAC
ACCAAGGTTCCTATCTCCCTGTGGAGTTCAACCTCCACTTCGTGGTTTGTGTGATACTCAAAGTGGAGTGAGTGGCCAAT
ACCTTGCCCCTGATCAAGGAACCTAAAGGGCTGATTGAGGGATATGAGAATGATGCAGTTTCTGAGGAAGGTGAACCATG
TGCTTCTGGAGGTGGATGTATTGGAGGTTGCCCTGCAATGCCCAGAGTCCGGACATCTGTACCCCATCAGCTGGTGGGAT
CCCCAACATGCTGCTGAATGATGAGGAAACA

Alignment

ORF - retro_hsap_2974 Open Reading Frame is not conserved.

Retrocopy - Parental Gene Alignment summary:

• Percent Identity: 57.38 %
• Parental protein coverage: 98.33 %
• Number of stop codons detected: 1
• Number of frameshifts detected: 4

Retrocopy - Parental Gene Alignment:

Parental  MKLLTHNLLSSHVRGVGSRGFP-LRLQATEVRIC-PVEFNPNFVARMIPKVEWSAFLEAADNVPKGPVEG
          MKL.TH..LS.HV.GVG..GFP.L.L..T.V.I..PVEFN..FV...I.KVE..A........PKG..EG
Retrocopy MKLFTHHGLSVHVQGVGPCGFP<LCLHDTKVPIS<PVEFNLHFVVCVILKVE*VANTLPLIKEPKGLIEG

Parental  YEENE-EFLRTMHHLLLEVEVIEGTLQCPESGRMFPIS-RGIPNMLLSEEET
          YE.N...FLR...H.LLEV.V.E..LQCPESG...PIS..GIPNMLL..EET
Retrocopy YE-ND>QFLRKVNHVLLEVDVLEVALQCPESGHLYPIS>GGIPNMLLNDEET

Legend:

• *: Stop codon
• >: Forward frameshift by one nucleotide
• <: Reverse frameshift by one nucleotide

Expression

RNA-Seq

Expression validation based on RNA-Seq data:

Library	Retrocopy expression	Parental gene expression
bodymap2_adipose	0.00 RPM	89.81 RPM
bodymap2_adrenal	0.00 RPM	116.49 RPM
bodymap2_brain	0.00 RPM	45.05 RPM
bodymap2_breast	0.00 RPM	65.78 RPM
bodymap2_colon	0.00 RPM	102.07 RPM
bodymap2_heart	0.00 RPM	22.45 RPM
bodymap2_kidney	0.00 RPM	52.96 RPM
bodymap2_liver	0.00 RPM	37.75 RPM
bodymap2_lung	0.00 RPM	71.13 RPM
bodymap2_lymph_node	0.00 RPM	83.47 RPM
bodymap2_ovary	0.00 RPM	147.68 RPM
bodymap2_prostate	0.00 RPM	90.08 RPM
bodymap2_skeletal_muscle	0.00 RPM	35.56 RPM
bodymap2_testis	0.00 RPM	142.96 RPM
bodymap2_thyroid	0.00 RPM	134.02 RPM
bodymap2_white_blood_cells	0.00 RPM	59.73 RPM

ChIP-Seq

RNA Polymerase II actvity near the 5' end of retro_hsap_2974 was not detected

EST

No EST(s) were mapped for retro_hsap_2974 retrocopy.

TSS

No TSS is located nearby retro_hsap_2974 retrocopy 5' end.

Lab

retro_hsap_2974 was not experimentally validated.

Homology

Retrocopy orthology:

Retrocopy retro_hsap_2974 has 0 orthologous retrocopies within eutheria group .

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Parental genes homology:

Parental genes homology involve 22 parental genes, and 518 retrocopies.

Species	Parental gene accession	Retrocopies number
Ailuropoda melanoleuca	ENSAMEG00000017965	3 retrocopies	retro_amel_125, retro_amel_1748, retro_amel_295,
Bos taurus	ENSBTAG00000008646	1 retrocopy	retro_btau_410,
Canis familiaris	ENSCAFG00000014445	1 retrocopy	retro_cfam_425,
Callithrix jacchus	ENSCJAG00000018026	1 retrocopy	retro_cjac_2995,
Dasypus novemcinctus	ENSDNOG00000004644	1 retrocopy	retro_dnov_2166,
Equus caballus	ENSECAG00000016960	1 retrocopy	retro_ecab_103,
Echinops telfairi	ENSETEG00000000263	4 retrocopies	retro_etel_256, retro_etel_606, retro_etel_772, retro_etel_986,
Felis catus	ENSFCAG00000023392	4 retrocopies	retro_fcat_1413, retro_fcat_1585, retro_fcat_1695, retro_fcat_672,
Homo sapiens	ENSG00000173113	4 retrocopies	retro_hsap_1853, retro_hsap_2847, retro_hsap_2974 , retro_hsap_86,
Gorilla gorilla	ENSGGOG00000001334	3 retrocopies	retro_ggor_1669, retro_ggor_2157, retro_ggor_2867,
Microcebus murinus	ENSMICG00000016987	1 retrocopy	retro_mmur_426,
Macaca mulatta	ENSMMUG00000019647	2 retrocopies	retro_mmul_1267, retro_mmul_2181,
Mustela putorius furo	ENSMPUG00000012911	2 retrocopies	retro_mputfur_1161, retro_mputfur_227,
Mus musculus	ENSMUSG00000038812	468 retrocopies	retro_mmus_2427, retro_mmus_2666, retro_mmus_2715, retro_mmus_3392, retro_mmus_3393, retro_mmus_3394, retro_mmus_3395, retro_mmus_3456, retro_mmus_3458, retro_mmus_3613, retro_mmus_3614, retro_mmus_3616, retro_mmus_3618, retro_mmus_3730, retro_mmus_3731, retro_mmus_3732, retro_mmus_3733, retro_mmus_3734, retro_mmus_3735, retro_mmus_3736, retro_mmus_3737, retro_mmus_3738, retro_mmus_3739, retro_mmus_3740, retro_mmus_3741, retro_mmus_3742, retro_mmus_3743, retro_mmus_3744, retro_mmus_3745, retro_mmus_3746, retro_mmus_3747, retro_mmus_3748, retro_mmus_3749, retro_mmus_3750, retro_mmus_3751, retro_mmus_3752, retro_mmus_3753, retro_mmus_3754, retro_mmus_3755, retro_mmus_3756, retro_mmus_3757, retro_mmus_3758, retro_mmus_3759, retro_mmus_3760, retro_mmus_3761, retro_mmus_3762, retro_mmus_3763, retro_mmus_3764, retro_mmus_3765, retro_mmus_3766, retro_mmus_3767, retro_mmus_3768, retro_mmus_3769, retro_mmus_3770, retro_mmus_3771, retro_mmus_3772, retro_mmus_3773, retro_mmus_3774, retro_mmus_3775, retro_mmus_3776, retro_mmus_3777, retro_mmus_3778, retro_mmus_3779, retro_mmus_3780, retro_mmus_3781, retro_mmus_3782, retro_mmus_3783, retro_mmus_3784, retro_mmus_3785, retro_mmus_3786, retro_mmus_3787, retro_mmus_3788, retro_mmus_3789, retro_mmus_3790, retro_mmus_3791, retro_mmus_3792, retro_mmus_3793, retro_mmus_3794, retro_mmus_3795, retro_mmus_3796, retro_mmus_3797, retro_mmus_3798, retro_mmus_3799, retro_mmus_3800, retro_mmus_3801, retro_mmus_3802, retro_mmus_3803, retro_mmus_3804, retro_mmus_3805, retro_mmus_3806, retro_mmus_3807, retro_mmus_3808, retro_mmus_3809, retro_mmus_3810, retro_mmus_3811, retro_mmus_3812, retro_mmus_3813, retro_mmus_3815, retro_mmus_3816, retro_mmus_3817, retro_mmus_3818, retro_mmus_3819, retro_mmus_3820, retro_mmus_3821, retro_mmus_3822, retro_mmus_3823, retro_mmus_3824, retro_mmus_3825, retro_mmus_3826, retro_mmus_3827, retro_mmus_3828, retro_mmus_3829, retro_mmus_3830, retro_mmus_3831, retro_mmus_3832, retro_mmus_3833, retro_mmus_3834, retro_mmus_3835, retro_mmus_3836, retro_mmus_3837, retro_mmus_3838, retro_mmus_3839, retro_mmus_3840, retro_mmus_3841, retro_mmus_3842, retro_mmus_3843, retro_mmus_3844, retro_mmus_3845, retro_mmus_3846, retro_mmus_3847, retro_mmus_3848, retro_mmus_3849, retro_mmus_3850, retro_mmus_3851, retro_mmus_3852, retro_mmus_3853, retro_mmus_3854, retro_mmus_3855, retro_mmus_3856, retro_mmus_3857, retro_mmus_3858, retro_mmus_3859, retro_mmus_3860, retro_mmus_3861, retro_mmus_3862, retro_mmus_3863, retro_mmus_3864, retro_mmus_3865, retro_mmus_3866, retro_mmus_3867, retro_mmus_3868, retro_mmus_3869, retro_mmus_3870, retro_mmus_3871, retro_mmus_3872, retro_mmus_3873, retro_mmus_3874, retro_mmus_3875, retro_mmus_3876, retro_mmus_3877, retro_mmus_3878, retro_mmus_3879, retro_mmus_3880, retro_mmus_3881, retro_mmus_3882, retro_mmus_3883, retro_mmus_3884, retro_mmus_3885, retro_mmus_3886, retro_mmus_3887, retro_mmus_3888, retro_mmus_3889, retro_mmus_3890, retro_mmus_3891, retro_mmus_3892, retro_mmus_3893, retro_mmus_3894, retro_mmus_3895, retro_mmus_3896, retro_mmus_3897, retro_mmus_3898, retro_mmus_3899, retro_mmus_3900, retro_mmus_3901, retro_mmus_3902, retro_mmus_3903, retro_mmus_3904, retro_mmus_3905, retro_mmus_3906, retro_mmus_3907, retro_mmus_3908, retro_mmus_3909, retro_mmus_3910, retro_mmus_3911, retro_mmus_3912, retro_mmus_3913, retro_mmus_3914, retro_mmus_3915, retro_mmus_3916, retro_mmus_3917, retro_mmus_3918, retro_mmus_3919, retro_mmus_3920, retro_mmus_3921, retro_mmus_3922, retro_mmus_3923, retro_mmus_3924, retro_mmus_3925, retro_mmus_3926, retro_mmus_3927, retro_mmus_3928, retro_mmus_3929, retro_mmus_3930, retro_mmus_3931, retro_mmus_3932, retro_mmus_3933, retro_mmus_3934, retro_mmus_3935, retro_mmus_3936, retro_mmus_3937, retro_mmus_3938, retro_mmus_3939, retro_mmus_3940, retro_mmus_3941, retro_mmus_3942, retro_mmus_3943, retro_mmus_3944, retro_mmus_3945, retro_mmus_3946, retro_mmus_3947, retro_mmus_3948, retro_mmus_3949, retro_mmus_3950, retro_mmus_3951, retro_mmus_3952, retro_mmus_3953, retro_mmus_3954, retro_mmus_3955, retro_mmus_3956, retro_mmus_3957, retro_mmus_3958, retro_mmus_3959, retro_mmus_3960, retro_mmus_3961, retro_mmus_3962, retro_mmus_3967, retro_mmus_3968, retro_mmus_3969, retro_mmus_3970, retro_mmus_3971, retro_mmus_3972, retro_mmus_3973, retro_mmus_3974, retro_mmus_3975, retro_mmus_3976, retro_mmus_3977, retro_mmus_3978, retro_mmus_3979, retro_mmus_3980, retro_mmus_3981, retro_mmus_3982, retro_mmus_3983, retro_mmus_3984, retro_mmus_3985, retro_mmus_3986, retro_mmus_3987, retro_mmus_3988, retro_mmus_3989, retro_mmus_3990, retro_mmus_3991, retro_mmus_3992, retro_mmus_3993, retro_mmus_3994, retro_mmus_3995, retro_mmus_3996, retro_mmus_3997, retro_mmus_3998, retro_mmus_3999, retro_mmus_4000, retro_mmus_4001, retro_mmus_4002, retro_mmus_4003, retro_mmus_4004, retro_mmus_4005, retro_mmus_4006, retro_mmus_4007, retro_mmus_4008, retro_mmus_4009, retro_mmus_4010, retro_mmus_4011, retro_mmus_4012, retro_mmus_4013, retro_mmus_4014, retro_mmus_4015, retro_mmus_4016, retro_mmus_4017, retro_mmus_4018, retro_mmus_4019, retro_mmus_4020, retro_mmus_4021, retro_mmus_4022, retro_mmus_4023, retro_mmus_4024, retro_mmus_4025, retro_mmus_4026, retro_mmus_4027, retro_mmus_4028, retro_mmus_4029, retro_mmus_4030, retro_mmus_4031, retro_mmus_4032, retro_mmus_4033, retro_mmus_4034, retro_mmus_4035, retro_mmus_4036, retro_mmus_4037, retro_mmus_4038, retro_mmus_4039, retro_mmus_4040, retro_mmus_4041, retro_mmus_4042, retro_mmus_4043, retro_mmus_4044, retro_mmus_4045, retro_mmus_4046, retro_mmus_4047, retro_mmus_4048, retro_mmus_4049, retro_mmus_4050, retro_mmus_4051, retro_mmus_4052, retro_mmus_4053, retro_mmus_4054, retro_mmus_4055, retro_mmus_4056, retro_mmus_4057, retro_mmus_4058, retro_mmus_4059, retro_mmus_4060, retro_mmus_4061, retro_mmus_4062, retro_mmus_4063, retro_mmus_4064, retro_mmus_4065, retro_mmus_4066, retro_mmus_4067, retro_mmus_4068, retro_mmus_4069, retro_mmus_4070, retro_mmus_4071, retro_mmus_4072, retro_mmus_4073, retro_mmus_4074, retro_mmus_4075, retro_mmus_4076, retro_mmus_4077, retro_mmus_4078, retro_mmus_4079, retro_mmus_4080, retro_mmus_4081, retro_mmus_4082, retro_mmus_4083, retro_mmus_4084, retro_mmus_4085, retro_mmus_4086, retro_mmus_4087, retro_mmus_4088, retro_mmus_4089, retro_mmus_4090, retro_mmus_4091, retro_mmus_4092, retro_mmus_4093, retro_mmus_4094, retro_mmus_4095, retro_mmus_4096, retro_mmus_4097, retro_mmus_4098, retro_mmus_4099, retro_mmus_4100, retro_mmus_4101, retro_mmus_4102, retro_mmus_4103, retro_mmus_4104, retro_mmus_4105, retro_mmus_4106, retro_mmus_4107, retro_mmus_4108, retro_mmus_4109, retro_mmus_4110, retro_mmus_4111, retro_mmus_4112, retro_mmus_4113, retro_mmus_4114, retro_mmus_4115, retro_mmus_4116, retro_mmus_4117, retro_mmus_4118, retro_mmus_4119, retro_mmus_4120, retro_mmus_4121, retro_mmus_4122, retro_mmus_4123, retro_mmus_4124, retro_mmus_4125, retro_mmus_4126, retro_mmus_4127, retro_mmus_4128, retro_mmus_4129, retro_mmus_4130, retro_mmus_4131, retro_mmus_4132, retro_mmus_4133, retro_mmus_4134, retro_mmus_4135, retro_mmus_4136, retro_mmus_4137, retro_mmus_4138, retro_mmus_4139, retro_mmus_4140, retro_mmus_4141, retro_mmus_4142, retro_mmus_4143, retro_mmus_4144, retro_mmus_4145, retro_mmus_4146, retro_mmus_4147, retro_mmus_4148, retro_mmus_4149, retro_mmus_4150, retro_mmus_4151, retro_mmus_4152, retro_mmus_4153, retro_mmus_4154, retro_mmus_4155, retro_mmus_4156, retro_mmus_4157, retro_mmus_4158, retro_mmus_4159, retro_mmus_4160, retro_mmus_4161, retro_mmus_4162, retro_mmus_4163, retro_mmus_4164, retro_mmus_4165, retro_mmus_4166, retro_mmus_4167, retro_mmus_4168, retro_mmus_4169, retro_mmus_4170, retro_mmus_4171, retro_mmus_4172, retro_mmus_4173, retro_mmus_4174, retro_mmus_4175, retro_mmus_4176, retro_mmus_4177, retro_mmus_4178, retro_mmus_4179, retro_mmus_4180, retro_mmus_4181, retro_mmus_4182, retro_mmus_4183, retro_mmus_4184, retro_mmus_4185, retro_mmus_4186, retro_mmus_4187, retro_mmus_4188, retro_mmus_4189,
Nomascus leucogenys	ENSNLEG00000004991	4 retrocopies	retro_nleu_1599, retro_nleu_2137, retro_nleu_2169, retro_nleu_556,
Ochotona princeps	ENSOPRG00000004130	2 retrocopies	retro_opri_347, retro_opri_560,
Pongo abelii	ENSPPYG00000025906	5 retrocopies	retro_pabe_1510, retro_pabe_2357, retro_pabe_3062, retro_pabe_3332, retro_pabe_3496,
Pteropus vampyrus	ENSPVAG00000017134	1 retrocopy	retro_pvam_853,
Rattus norvegicus	ENSRNOG00000021132	4 retrocopies	retro_rnor_1103, retro_rnor_1327, retro_rnor_1404, retro_rnor_2892,
Sus scrofa	ENSSSCG00000013029	3 retrocopies	retro_sscr_216, retro_sscr_376, retro_sscr_785,
Ictidomys tridecemlineatus	ENSSTOG00000019857	1 retrocopy	retro_itri_208,
Tursiops truncatus	ENSTTRG00000010299	2 retrocopies	retro_ttru_1342, retro_ttru_1840,

Population studies

Expression level across human populations :

Library	Retrogene expression
CEU_NA11831	0.00 RPM
CEU_NA11843	0.00 RPM
CEU_NA11930	0.03 RPM
CEU_NA12004	0.00 RPM
CEU_NA12400	0.00 RPM
CEU_NA12751	0.00 RPM
CEU_NA12760	0.00 RPM
CEU_NA12827	0.00 RPM
CEU_NA12872	0.00 RPM
CEU_NA12873	0.00 RPM
FIN_HG00183	0.00 RPM
FIN_HG00277	0.00 RPM
FIN_HG00315	0.00 RPM
FIN_HG00321	0.00 RPM
FIN_HG00328	0.00 RPM
FIN_HG00338	0.00 RPM
FIN_HG00349	0.00 RPM
FIN_HG00375	0.00 RPM
FIN_HG00377	0.00 RPM
FIN_HG00378	0.00 RPM
GBR_HG00099	0.00 RPM
GBR_HG00111	0.00 RPM
GBR_HG00114	0.00 RPM
GBR_HG00119	0.00 RPM
GBR_HG00131	0.00 RPM
GBR_HG00133	0.00 RPM
GBR_HG00134	0.00 RPM
GBR_HG00137	0.00 RPM
GBR_HG00142	0.00 RPM
GBR_HG00143	0.00 RPM
TSI_NA20512	0.00 RPM
TSI_NA20513	0.00 RPM
TSI_NA20518	0.00 RPM
TSI_NA20532	0.00 RPM
TSI_NA20538	0.00 RPM
TSI_NA20756	0.00 RPM
TSI_NA20765	0.00 RPM
TSI_NA20771	0.00 RPM
TSI_NA20786	0.00 RPM
TSI_NA20798	0.00 RPM
YRI_NA18870	0.00 RPM
YRI_NA18907	0.00 RPM
YRI_NA18916	0.00 RPM
YRI_NA19093	0.00 RPM
YRI_NA19099	0.00 RPM
YRI_NA19114	0.00 RPM
YRI_NA19118	0.00 RPM
YRI_NA19213	0.00 RPM
YRI_NA19214	0.00 RPM
YRI_NA19223	0.02 RPM

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Indel association:

No indels were associated with its genomic coordinates. Based on Kabza et al. 2015 (PubMed).