RetrogeneDB ID:

retro_amel_295

Retrocopy
location
Organism:Panda (Ailuropoda melanoleuca)
Coordinates:GL192377.1:1445312..1445551(+)
Located in intron of:None
Retrocopy
information
Ensembl ID:None
Aliases:None
Status:NOVEL
Parental gene
information
Parental gene summary:
Parental gene symbol:None
Ensembl ID:ENSAMEG00000017965
Aliases:None
Description:None


Retrocopy-Parental alignment summary:






>retro_amel_295
CCCCTGTGACTCCGGTCTGTCATTATCTCCATCACCCCTGTGGGGCTCAACCTGGACTTCACGGTGTGTATGATCCCCAA
GTTGGAGTGGGTGGCACTTCTAGAAGCAACTGATACCTTGCATGTGCTTGAGGTGACCAAAGGTCCATTCAGGAGAATTA
GAGTGATGAGAAATTTCCGAGGAAGATGAACCATGTGCTGCTGAAGGTGCCTGTGTTGGAGGGAACCCTGCAATGCCCC

ORF - retro_amel_295 Open Reading Frame is not conserved.
Retrocopy - Parental Gene Alignment summary:
Percent Identity: 61.73 %
Parental protein coverage: 64. %
Number of stop codons detected: 2
Number of frameshifts detected 1


Retrocopy - Parental Gene Alignment:

ParentalPLRLQATEVRINPVEFNPDFVARMIPKVEWAALLEAADTLHLVEVPKGP-IEGYEHDEKFLRQMHHVLLE
PL.L......I.PV..N.DF...MIPK.EW.ALLEA.DTLH..EV.KGP.I.....DEKF.R.M.HVLL.
RetrocopyPL*LRSVIISITPVGLNLDFTVCMIPKLEWVALLEATDTLHVLEVTKGP<IQEN*SDEKFPRKMNHVLLK
ParentalVDVLEGTLQCP
V.VLEGTLQCP
RetrocopyVPVLEGTLQCP

Legend:
*Stop codon
>Forward frameshift by one nucleotide
<Reverse frameshift by one nucleotide






Ailuropoda melanoleuca was not studied using RNA-Seq expression data.
Ailuropoda melanoleuca was not studied using ChIP-Seq data.
No EST(s) were mapped for retro_amel_295 retrocopy.
Ailuropoda melanoleuca was not studied using FANTOM5 data.
retro_amel_295 was not experimentally validated.

Retrocopy orthology:
Ailuropoda melanoleuca does not belong to any of the species groups (eutheria, teleost or neognath), studied for retrocopy-based homology. For more information about studied groups, please go to help section.

Parental genes homology:
Parental genes homology involve 22 parental genes, and 518 retrocopies.

Species Parental gene accession Retrocopies number
Ailuropoda melanoleuca ENSAMEG00000017965 3 retrocopies
retro_amel_125, retro_amel_1748, retro_amel_295 ,
Bos taurus ENSBTAG000000086461 retrocopy
Canis familiaris ENSCAFG000000144451 retrocopy
Callithrix jacchus ENSCJAG000000180261 retrocopy
Dasypus novemcinctus ENSDNOG000000046441 retrocopy
Equus caballus ENSECAG000000169601 retrocopy
Echinops telfairi ENSETEG000000002634 retrocopies
Felis catus ENSFCAG000000233924 retrocopies
Homo sapiens ENSG000001731134 retrocopies
Gorilla gorilla ENSGGOG000000013343 retrocopies
Microcebus murinus ENSMICG000000169871 retrocopy
Macaca mulatta ENSMMUG000000196472 retrocopies
Mustela putorius furoENSMPUG000000129112 retrocopies
Mus musculus ENSMUSG00000038812468 retrocopies
retro_mmus_2427, retro_mmus_2666, retro_mmus_2715, retro_mmus_3392, retro_mmus_3393, retro_mmus_3394, retro_mmus_3395, retro_mmus_3456, retro_mmus_3458, retro_mmus_3613, retro_mmus_3614, retro_mmus_3616, retro_mmus_3618, retro_mmus_3730, retro_mmus_3731, retro_mmus_3732, retro_mmus_3733, retro_mmus_3734, retro_mmus_3735, retro_mmus_3736, retro_mmus_3737, retro_mmus_3738, retro_mmus_3739, retro_mmus_3740, retro_mmus_3741, retro_mmus_3742, retro_mmus_3743, retro_mmus_3744, retro_mmus_3745, retro_mmus_3746, retro_mmus_3747, retro_mmus_3748, retro_mmus_3749, retro_mmus_3750, retro_mmus_3751, retro_mmus_3752, retro_mmus_3753, retro_mmus_3754, retro_mmus_3755, retro_mmus_3756, retro_mmus_3757, retro_mmus_3758, retro_mmus_3759, retro_mmus_3760, retro_mmus_3761, retro_mmus_3762, retro_mmus_3763, retro_mmus_3764, retro_mmus_3765, retro_mmus_3766, retro_mmus_3767, retro_mmus_3768, retro_mmus_3769, retro_mmus_3770, retro_mmus_3771, retro_mmus_3772, retro_mmus_3773, retro_mmus_3774, retro_mmus_3775, retro_mmus_3776, retro_mmus_3777, retro_mmus_3778, retro_mmus_3779, retro_mmus_3780, retro_mmus_3781, retro_mmus_3782, retro_mmus_3783, retro_mmus_3784, retro_mmus_3785, retro_mmus_3786, retro_mmus_3787, retro_mmus_3788, retro_mmus_3789, retro_mmus_3790, retro_mmus_3791, retro_mmus_3792, retro_mmus_3793, retro_mmus_3794, retro_mmus_3795, retro_mmus_3796, retro_mmus_3797, retro_mmus_3798, retro_mmus_3799, retro_mmus_3800, retro_mmus_3801, retro_mmus_3802, retro_mmus_3803, retro_mmus_3804, retro_mmus_3805, retro_mmus_3806, retro_mmus_3807, retro_mmus_3808, retro_mmus_3809, retro_mmus_3810, retro_mmus_3811, retro_mmus_3812, retro_mmus_3813, retro_mmus_3815, retro_mmus_3816, retro_mmus_3817, retro_mmus_3818, retro_mmus_3819, retro_mmus_3820, retro_mmus_3821, retro_mmus_3822, retro_mmus_3823, retro_mmus_3824, retro_mmus_3825, retro_mmus_3826, retro_mmus_3827, retro_mmus_3828, retro_mmus_3829, retro_mmus_3830, retro_mmus_3831, retro_mmus_3832, retro_mmus_3833, retro_mmus_3834, retro_mmus_3835, retro_mmus_3836, retro_mmus_3837, retro_mmus_3838, retro_mmus_3839, retro_mmus_3840, retro_mmus_3841, retro_mmus_3842, retro_mmus_3843, retro_mmus_3844, retro_mmus_3845, retro_mmus_3846, retro_mmus_3847, retro_mmus_3848, retro_mmus_3849, retro_mmus_3850, retro_mmus_3851, retro_mmus_3852, retro_mmus_3853, retro_mmus_3854, retro_mmus_3855, retro_mmus_3856, retro_mmus_3857, retro_mmus_3858, retro_mmus_3859, retro_mmus_3860, retro_mmus_3861, retro_mmus_3862, retro_mmus_3863, retro_mmus_3864, retro_mmus_3865, retro_mmus_3866, retro_mmus_3867, retro_mmus_3868, retro_mmus_3869, retro_mmus_3870, retro_mmus_3871, retro_mmus_3872, retro_mmus_3873, retro_mmus_3874, retro_mmus_3875, retro_mmus_3876, retro_mmus_3877, retro_mmus_3878, retro_mmus_3879, retro_mmus_3880, retro_mmus_3881, retro_mmus_3882, retro_mmus_3883, retro_mmus_3884, retro_mmus_3885, retro_mmus_3886, retro_mmus_3887, retro_mmus_3888, retro_mmus_3889, retro_mmus_3890, retro_mmus_3891, 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retro_mmus_4186, retro_mmus_4187, retro_mmus_4188, retro_mmus_4189,
Nomascus leucogenys ENSNLEG000000049914 retrocopies
Ochotona princeps ENSOPRG000000041302 retrocopies
Pongo abelii ENSPPYG000000259065 retrocopies
Pteropus vampyrus ENSPVAG000000171341 retrocopy
Rattus norvegicus ENSRNOG000000211324 retrocopies
Sus scrofa ENSSSCG000000130293 retrocopies
Ictidomys tridecemlineatus ENSSTOG000000198571 retrocopy
Tursiops truncatus ENSTTRG000000102992 retrocopies



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