RetrogeneDB ID:

retro_itri_208

Retrocopy
location
Organism:Squirrel (Ictidomys tridecemlineatus)
Coordinates:JH393279.1:35677983..35678299(-)
Located in intron of:ENSSTOG00000002686
Retrocopy
information
Ensembl ID:None
Aliases:None
Status:NOVEL
Parental gene
information
Parental gene summary:
Parental gene symbol:None
Ensembl ID:ENSSTOG00000019857
Aliases:None
Description:None


Retrocopy-Parental alignment summary:






>retro_itri_208
GGCTTCCCCCTGTGACTCCAGGCCACTGAAGTCTGAATCAACCTGGTAGAGTTCAACCCTGACTTTCTGCTTTAAATGAT
TCCCAAACTGGAGTGGACAGTACTTAGGCAGGTAGCTGATACCTTGGACCTAGTGGGGGTACTCAAAGAACAAATTGAGG
GCTACAAGAACCATAGATATTTCTGAGAAAGATGTACCATATGCTGCTGGAGGTGGACATGCTGGCAGGCATCCTACTAT
GCCCAGTGTCTGGATATCTATTCCCCATCAGCTGTAGCATCTCCAACATCTGCTGAATGATGAAGAAACTGATACT

ORF - retro_itri_208 Open Reading Frame is not conserved.
Retrocopy - Parental Gene Alignment summary:
Percent Identity: 65.74 %
Parental protein coverage: 84.8 %
Number of stop codons detected: 3
Number of frameshifts detected: 2


Retrocopy - Parental Gene Alignment:

ParentalGFPLRLQATEVRINPVEFNPDFVARMIPKVEWAALLEAADTLHLVEVPKEPTEGYVNDE-TFLRKMHHVL
GFPL.LQATEV.IN.VEFNPDF...MIPK.EW..L...ADTL.LV.V.KE..EGY.N....FLRKM.H.L
RetrocopyGFPL*LQATEV*INLVEFNPDFLL*MIPKLEWTVLRQVADTLDLVGVLKEQIEGYKNHR<IFLRKMYHML
ParentalLEVDVLEGTLQCPESGRVFPISRGIPNM-LLNDEETET
LEVD.L.G.L.CP.SG..FPIS..I.N..LLNDEET.T
RetrocopyLEVDMLAGILLCPVSGYLFPISCSISNI<LLNDEETDT

Legend:
*Stop codon
>Forward frameshift by one nucleotide
<Reverse frameshift by one nucleotide






Ictidomys tridecemlineatus was not studied using RNA-Seq expression data.
Ictidomys tridecemlineatus was not studied using ChIP-Seq data.
No EST(s) were mapped for retro_itri_208 retrocopy.
Ictidomys tridecemlineatus was not studied using FANTOM5 data.
retro_itri_208 was not experimentally validated.

Retrocopy orthology:
Ictidomys tridecemlineatus does not belong to any of the species groups (eutheria, teleost or neognath), studied for retrocopy-based homology. For more information about studied groups, please go to help section.

Parental genes homology:
Parental genes homology involve 22 parental genes, and 518 retrocopies.

Species Parental gene accession Retrocopies number
Ailuropoda melanoleuca ENSAMEG000000179653 retrocopies
Bos taurus ENSBTAG000000086461 retrocopy
Canis familiaris ENSCAFG000000144451 retrocopy
Callithrix jacchus ENSCJAG000000180261 retrocopy
Dasypus novemcinctus ENSDNOG000000046441 retrocopy
Equus caballus ENSECAG000000169601 retrocopy
Echinops telfairi ENSETEG000000002634 retrocopies
Felis catus ENSFCAG000000233924 retrocopies
Homo sapiens ENSG000001731134 retrocopies
Gorilla gorilla ENSGGOG000000013343 retrocopies
Microcebus murinus ENSMICG000000169871 retrocopy
Macaca mulatta ENSMMUG000000196472 retrocopies
Mustela putorius furoENSMPUG000000129112 retrocopies
Mus musculus ENSMUSG00000038812468 retrocopies
retro_mmus_2427, retro_mmus_2666, retro_mmus_2715, retro_mmus_3392, retro_mmus_3393, retro_mmus_3394, retro_mmus_3395, retro_mmus_3456, retro_mmus_3458, retro_mmus_3613, retro_mmus_3614, retro_mmus_3616, retro_mmus_3618, retro_mmus_3730, retro_mmus_3731, retro_mmus_3732, retro_mmus_3733, retro_mmus_3734, retro_mmus_3735, retro_mmus_3736, retro_mmus_3737, retro_mmus_3738, retro_mmus_3739, retro_mmus_3740, retro_mmus_3741, retro_mmus_3742, retro_mmus_3743, retro_mmus_3744, retro_mmus_3745, retro_mmus_3746, retro_mmus_3747, retro_mmus_3748, retro_mmus_3749, retro_mmus_3750, retro_mmus_3751, retro_mmus_3752, retro_mmus_3753, retro_mmus_3754, retro_mmus_3755, retro_mmus_3756, retro_mmus_3757, retro_mmus_3758, retro_mmus_3759, retro_mmus_3760, retro_mmus_3761, retro_mmus_3762, retro_mmus_3763, retro_mmus_3764, retro_mmus_3765, retro_mmus_3766, retro_mmus_3767, retro_mmus_3768, retro_mmus_3769, retro_mmus_3770, retro_mmus_3771, retro_mmus_3772, retro_mmus_3773, retro_mmus_3774, retro_mmus_3775, retro_mmus_3776, retro_mmus_3777, retro_mmus_3778, retro_mmus_3779, retro_mmus_3780, retro_mmus_3781, retro_mmus_3782, retro_mmus_3783, retro_mmus_3784, retro_mmus_3785, retro_mmus_3786, retro_mmus_3787, retro_mmus_3788, retro_mmus_3789, retro_mmus_3790, retro_mmus_3791, retro_mmus_3792, retro_mmus_3793, retro_mmus_3794, retro_mmus_3795, retro_mmus_3796, retro_mmus_3797, retro_mmus_3798, retro_mmus_3799, retro_mmus_3800, retro_mmus_3801, retro_mmus_3802, retro_mmus_3803, retro_mmus_3804, retro_mmus_3805, retro_mmus_3806, retro_mmus_3807, retro_mmus_3808, retro_mmus_3809, retro_mmus_3810, retro_mmus_3811, retro_mmus_3812, retro_mmus_3813, retro_mmus_3815, retro_mmus_3816, retro_mmus_3817, retro_mmus_3818, retro_mmus_3819, retro_mmus_3820, retro_mmus_3821, retro_mmus_3822, retro_mmus_3823, retro_mmus_3824, retro_mmus_3825, retro_mmus_3826, retro_mmus_3827, retro_mmus_3828, retro_mmus_3829, retro_mmus_3830, retro_mmus_3831, retro_mmus_3832, retro_mmus_3833, 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retro_mmus_4186, retro_mmus_4187, retro_mmus_4188, retro_mmus_4189,
Nomascus leucogenys ENSNLEG000000049914 retrocopies
Ochotona princeps ENSOPRG000000041302 retrocopies
Pongo abelii ENSPPYG000000259065 retrocopies
Pteropus vampyrus ENSPVAG000000171341 retrocopy
Rattus norvegicus ENSRNOG000000211324 retrocopies
Sus scrofa ENSSSCG000000130293 retrocopies
Ictidomys tridecemlineatus ENSSTOG00000019857 1 retrocopy
retro_itri_208 ,
Tursiops truncatus ENSTTRG000000102992 retrocopies



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