RetrogeneDB ID:

retro_mmul_1267

Retrocopy
location
Organism:Rhesus macaque (Macaca mulatta)
Coordinates:16:58464891..58465247(-)
Located in intron of:None
Retrocopy
information
Ensembl ID:ENSMMUG00000019464
Aliases:None
Status:KNOWN_PSEUDOGENE
Parental gene
information
Parental gene summary:
Parental gene symbol:MMU.9981
Ensembl ID:ENSMMUG00000019647
Aliases:None
Description:tRNA methyltransferase 112 homolog [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001252677]


Retrocopy-Parental alignment summary:






>retro_mmul_1267
AATCTGCTGAGCTCGCGTATGTGGGAGATGGGGCCCCATGGCTTCCCCCTGCGCCTCCAGGCCAGCCAAGTCCGCATCTG
CCCTGTGGAGTTCAACCCCCACTTCGTGGGCCTATGATACCCAAGGTGGAGTGGGCGGCGTTCCTGGAGGTGGCTGATAA
CTTGCGCCTGCTCCAGGTGCCTAAAGGGCCGGTTGAGGGATATGAGGAGAGCAAAGAGTTTCTGAGGACCATGCACCATC
TGCTGCTGGAGGTGGAAGTGATGGAGGGCACCTTGCAGGGCCCAGAGTCTGGACATATGTTCCCCATCAGCCACGGGATC
CCCAACATGCTGCTGAGTGAAGAGGAAACTGAGAGT

ORF - retro_mmul_1267 Open Reading Frame is not conserved.
Retrocopy - Parental Gene Alignment summary:
Percent Identity: 82.5 %
Parental protein coverage: 95.2 %
Number of stop codons detected: 0
Number of frameshifts detected: 1


Retrocopy - Parental Gene Alignment:

ParentalNLLSSHVRGVGSRGFPLRLQATEVRICPVEFNPNFVAR-MIPKVEWAAFLEAADNLRLIQVPKGPVEGYE
NLLSS.....G..GFPLRLQA..VRICPVEFNP.FV...MIPKVEWAAFLE.ADNLRL.QVPKGPVEGYE
RetrocopyNLLSSRMWEMGPHGFPLRLQASQVRICPVEFNPHFVGL<MIPKVEWAAFLEVADNLRLLQVPKGPVEGYE
ParentalENEEFLRTMHHLLLEVEVIEGTLQCPESGRMFPISRGIPNMLLSEEETES
E..EFLRTMHHLLLEVEV.EGTLQ.PESG.MFPIS.GIPNMLLSEEETES
RetrocopyESKEFLRTMHHLLLEVEVMEGTLQGPESGHMFPISHGIPNMLLSEEETES

Legend:
*Stop codon
>Forward frameshift by one nucleotide
<Reverse frameshift by one nucleotide






(Hint: click retrocopy or parental gene accession number on the plot's legend, to show / hide expression level values)

Expression validation based on RNA-Seq data:
Library Retrocopy expression Parental gene expression
SRP007412_brain 0 .00 RPM 10 .20 RPM
SRP007412_brain_prefrontal_cortex 0 .24 RPM 34 .11 RPM
SRP007412_cerebellum 0 .00 RPM 10 .27 RPM
SRP007412_heart 0 .00 RPM 16 .96 RPM
SRP007412_kidney 0 .00 RPM 23 .36 RPM
SRP007412_liver 0 .00 RPM 31 .19 RPM
SRP007412_testis 0 .04 RPM 34 .75 RPM
Macaca mulatta was not studied using ChIP-Seq data.
No EST(s) were mapped for retro_mmul_1267 retrocopy.
Macaca mulatta was not studied using FANTOM5 data.
retro_mmul_1267 was not experimentally validated.

Retrocopy orthology:
Retrocopy retro_mmul_1267 has 3 orthologous retrocopies within eutheria group .

Species RetrogeneDB ID
Homo sapiens retro_hsap_1853
Gorilla gorilla retro_ggor_2157
Pongo abelii retro_pabe_1510

Parental genes homology:
Parental genes homology involve 22 parental genes, and 518 retrocopies.

Species Parental gene accession Retrocopies number
Ailuropoda melanoleuca ENSAMEG000000179653 retrocopies
Bos taurus ENSBTAG000000086461 retrocopy
Canis familiaris ENSCAFG000000144451 retrocopy
Callithrix jacchus ENSCJAG000000180261 retrocopy
Dasypus novemcinctus ENSDNOG000000046441 retrocopy
Equus caballus ENSECAG000000169601 retrocopy
Echinops telfairi ENSETEG000000002634 retrocopies
Felis catus ENSFCAG000000233924 retrocopies
Homo sapiens ENSG000001731134 retrocopies
Gorilla gorilla ENSGGOG000000013343 retrocopies
Microcebus murinus ENSMICG000000169871 retrocopy
Macaca mulatta ENSMMUG00000019647 2 retrocopies
retro_mmul_1267 , retro_mmul_2181,
Mustela putorius furoENSMPUG000000129112 retrocopies
Mus musculus ENSMUSG00000038812468 retrocopies
retro_mmus_2427, retro_mmus_2666, retro_mmus_2715, retro_mmus_3392, retro_mmus_3393, retro_mmus_3394, retro_mmus_3395, retro_mmus_3456, retro_mmus_3458, retro_mmus_3613, retro_mmus_3614, retro_mmus_3616, retro_mmus_3618, retro_mmus_3730, retro_mmus_3731, retro_mmus_3732, retro_mmus_3733, retro_mmus_3734, retro_mmus_3735, retro_mmus_3736, retro_mmus_3737, retro_mmus_3738, retro_mmus_3739, retro_mmus_3740, retro_mmus_3741, retro_mmus_3742, retro_mmus_3743, retro_mmus_3744, retro_mmus_3745, retro_mmus_3746, retro_mmus_3747, retro_mmus_3748, retro_mmus_3749, retro_mmus_3750, retro_mmus_3751, retro_mmus_3752, retro_mmus_3753, retro_mmus_3754, retro_mmus_3755, retro_mmus_3756, retro_mmus_3757, retro_mmus_3758, retro_mmus_3759, retro_mmus_3760, retro_mmus_3761, retro_mmus_3762, retro_mmus_3763, retro_mmus_3764, retro_mmus_3765, retro_mmus_3766, retro_mmus_3767, retro_mmus_3768, retro_mmus_3769, retro_mmus_3770, retro_mmus_3771, retro_mmus_3772, retro_mmus_3773, retro_mmus_3774, retro_mmus_3775, retro_mmus_3776, retro_mmus_3777, retro_mmus_3778, retro_mmus_3779, retro_mmus_3780, retro_mmus_3781, retro_mmus_3782, retro_mmus_3783, retro_mmus_3784, retro_mmus_3785, retro_mmus_3786, retro_mmus_3787, retro_mmus_3788, retro_mmus_3789, retro_mmus_3790, retro_mmus_3791, retro_mmus_3792, retro_mmus_3793, retro_mmus_3794, retro_mmus_3795, retro_mmus_3796, retro_mmus_3797, retro_mmus_3798, retro_mmus_3799, retro_mmus_3800, retro_mmus_3801, retro_mmus_3802, retro_mmus_3803, retro_mmus_3804, retro_mmus_3805, retro_mmus_3806, retro_mmus_3807, retro_mmus_3808, retro_mmus_3809, retro_mmus_3810, retro_mmus_3811, retro_mmus_3812, retro_mmus_3813, retro_mmus_3815, retro_mmus_3816, retro_mmus_3817, retro_mmus_3818, retro_mmus_3819, retro_mmus_3820, retro_mmus_3821, retro_mmus_3822, retro_mmus_3823, retro_mmus_3824, retro_mmus_3825, retro_mmus_3826, retro_mmus_3827, retro_mmus_3828, retro_mmus_3829, retro_mmus_3830, retro_mmus_3831, retro_mmus_3832, retro_mmus_3833, 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retro_mmus_4186, retro_mmus_4187, retro_mmus_4188, retro_mmus_4189,
Nomascus leucogenys ENSNLEG000000049914 retrocopies
Ochotona princeps ENSOPRG000000041302 retrocopies
Pongo abelii ENSPPYG000000259065 retrocopies
Pteropus vampyrus ENSPVAG000000171341 retrocopy
Rattus norvegicus ENSRNOG000000211324 retrocopies
Sus scrofa ENSSSCG000000130293 retrocopies
Ictidomys tridecemlineatus ENSSTOG000000198571 retrocopy
Tursiops truncatus ENSTTRG000000102992 retrocopies



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